1.Mechanistic Insights Into the [2+2] Cycloaddition-Retroelectrocyclization Reactions of Symmetric Alkynes Activated with Methoxy Groups
Bu proje, Orta Doğu Teknik Üniversitesi (ODTÜ) Kimya Bölümü’nden Dengiz Araştırma Grubu ile iş birliği içinde yürütülmüştür. Proje kapsamında, [2+2] sikloadisyon-retroelektrosiklizasyon (CA-RE) reaksiyonlarının mekanizmaları incelenmiş ve bu mekanizmaların teorik hesaplamalarla modellenmesi için Türkiye Ulusal Yüksek Başarımlı Hesaplama Merkezi (TRUBA) altyapısı kullanılmıştır. Dengiz Araştırma Grubu, deneysel çalışmalar konusunda uzman olmakla birlikte, proje kapsamında YBH uzmanlığı gerektiren hesaplamalı kimya çalışmalarında Türkiye NCC (National Competence Center) YBH uzmanlarından destek almıştır.
Çalışmanın detayları için sonuç raporunu tıklayınız…
2.Navigating Energy Surface of Functional Proteins
Bu çalışmada, protein dinamiklerinin anlaşılmasına yönelik bir araştırmayı kapsamaktadır ve Sabancı Üniversitesi Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyomühendislik, Bilgisayar Mühendisliği ve Malzeme Bilimi ve Nano Mühendislik bölümleri ile iş birliği içinde yürütülmüştür. Proje, AlphaFold2’nin protein tahminindeki başarılarına rağmen çözülemeyen protein fonksiyonlarını ve bu fonksiyonların çevresel koşullardaki değişimlerle nasıl etkilendiğini araştırmayı hedeflemiştir. Proje kapsamında, proteinlerin konformasyonel geçişlerini ve işlevlerini moleküler dinamik simülasyonları ve gelişmiş örnekleme teknikleri kullanarak haritalamak amacıyla Yüksek Başarımlı Hesaplama (YBH) altyapısı kullanılmıştır. Çalışma kapsamında Sabancı Üniversitesi’ndeki araştırmacılar ve öğrenciler, YBH uzmanlarının rehberliğinde, çeşitli proteinlerin (kalmodulin, TEM-1 β-laktamaz ve Yeşil Floresan Protein) yapısal değişimlerini incelemiş ve bu süreçte YBH kaynaklarını etkili bir şekilde kullanmayı öğrenmiştir.
Çalışmanın detayları için sonuç raporunu tıklayınız…
3.HPC and Shell Scripting For Chemists and Chemical Engineers
Bu çalışma, EuroCC@Türkiye kapsamında Yeditepe Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü tarafından yürütülen ve moleküler modelleme ile ilgilenen öğrencilerin Yüksek Başarımlı Hesaplama (YBH) okuryazarlığını artırmayı amaçlayan bir eğitim girişimini tanımlanmıştır. Öğrencilerin YBH konusunda çok az deneyime sahip olması veya hiç deneyimi olmaması nedeniyle, program öncelikle Linux kabuk komutları, betik yazımı ve iş otomasyonu öğretmeye odaklanarak simülasyonları daha verimli çalıştırmalarını sağlamayı hedeflemiştir. Eğitim kapsamında temel ve ileri düzey komut satırı işlemleri, Bash gibi betik dilleri uygulamalı olarak yapılmıştır.
Çalışmanın detayları için sonuç raporunu tıklayınız…