EuroCC 2 Projesi’nin ikinci dönemine başlamamızla birlikte, endüstriyle gerçekleştirdiğimiz çalışmaları akademik kullanıcılarımıza da yaygınlaştırmak amacıyla akademik “Proof of Concept” (PoC) çalışmaları başlattık. Bu çalışmaların temel amacı, daha önce yüksek başarımlı hesaplama (YBH) teknolojilerini kullanmamış akademik araştırmacıları, araştırmalarında bu teknolojilere ihtiyaç duyduklarında, YBH’yi aktif olarak kullanan akademisyenlerle eşleştirip, bir 6 aylık PoC çalışması ile YBH yetkinliğini belli bir düzeye getirmektir. Bir diğer amaç ise, daha önce bu teknolojileri kullanmamış lisans, yüksek lisans ve doktora öğrencilerine, YBH yetkinliğine sahip bir araştırma grubunda bu teknolojilerin akademik süreçlerde nasıl kullanılacağını araştırma seviyesinde aktarmaktır. Böylece, YBH teknolojilerini daha önce kullanmayan araştırma grupları, bu teknolojilerden faydalanma imkânına erişmiş oluyorlar. NCC Türkiye’nin bu zamana kadar gerçekleştirdiği çalışmaların içerikleri ve sonuçları aşağıda paylaşılmıştır.
1.Mechanistic Insights Into the [2+2] Cycloaddition-Retroelectrocyclization Reactions of Symmetric Alkynes Activated with Methoxy Groups
Bu proje, Orta Doğu Teknik Üniversitesi (ODTÜ) Kimya Bölümü’nden Dengiz Araştırma Grubu ile iş birliği içinde yürütülmüştür. Proje kapsamında, [2+2] sikloadisyon-retroelektrosiklizasyon (CA-RE) reaksiyonlarının mekanizmaları incelenmiş ve bu mekanizmaların teorik hesaplamalarla modellenmesi için Türkiye Ulusal Yüksek Başarımlı Hesaplama Merkezi (TRUBA) altyapısı kullanılmıştır. Dengiz Araştırma Grubu, deneysel çalışmalar konusunda uzman olmakla birlikte, proje kapsamında YBH uzmanlığı gerektiren hesaplamalı kimya çalışmalarında Türkiye NCC (National Competence Center) YBH uzmanlarından destek almıştır.
Çalışmanın detayları için sonuç raporunu tıklayınız…
2.Navigating Energy Surface of Functional Proteins
Bu çalışmada, protein dinamiklerinin anlaşılmasına yönelik bir araştırmayı kapsamaktadır ve Sabancı Üniversitesi Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyomühendislik, Bilgisayar Mühendisliği ve Malzeme Bilimi ve Nano Mühendislik bölümleri ile iş birliği içinde yürütülmüştür. Proje, AlphaFold2’nin protein tahminindeki başarılarına rağmen çözülemeyen protein fonksiyonlarını ve bu fonksiyonların çevresel koşullardaki değişimlerle nasıl etkilendiğini araştırmayı hedeflemiştir. Proje kapsamında, proteinlerin konformasyonel geçişlerini ve işlevlerini moleküler dinamik simülasyonları ve gelişmiş örnekleme teknikleri kullanarak haritalamak amacıyla Yüksek Başarımlı Hesaplama (YBH) altyapısı kullanılmıştır. Çalışma kapsamında Sabancı Üniversitesi’ndeki araştırmacılar ve öğrenciler, YBH uzmanlarının rehberliğinde, çeşitli proteinlerin (kalmodulin, TEM-1 β-laktamaz ve Yeşil Floresan Protein) yapısal değişimlerini incelemiş ve bu süreçte YBH kaynaklarını etkili bir şekilde kullanmayı öğrenmiştir.
Çalışmanın detayları için sonuç raporunu tıklayınız…